我该起诉谁我于2006年出现了交通事…

我该起诉谁我于2006年出现了交通事故,当时车上有司机和甲,我受伤,当时甲给我打下欠条,该欠条没有公司章,由他偿还我医疗费、误工费共计4万元整,甲给了我2万后剩余2万元不再给付了。于是我向法院起诉由甲偿还我2万元,开庭甲去却辩称该车系公司所有,因当时我是公司的法定代表人而出具欠条,是职务行为,而不是个人行为,法院却采纳了他的诉请驳回了我的请求说主体不对?我该上诉还是另行起诉?